http://forums.adobe.com/message/3906566 のRepliesの1つめにあったが、 certificationファイル（FLASHの中から作れる、拡張子が.p12のファイル）を 使い回していたため起こっていた模様。 新規に作り直して、それでパブリッシュしたら問題なく書き出せた。